Экологи и общественные деятели указывают на неоднозначный экономический эффект проекта, а также на многочисленные экологические последствия строительства нового гидроузла.
Протестная петиция против строительства Багаевского гидроузла на имя президента РФ, генерального прокурора РФ, министерства транспорта РФ и администрации Ростовской области создана на сайте change.org. Количество подписавшихся на момент публикации составило почти 900 человек.
Багаевский низконапорный гидроузел на нижнем Дону планируется ввести в эксплуатацию в 2019-20 гг. Предварительная стоимость проекта составляет 22 млрд руб. По мнению замруководителя Федерального агентства морского и речного транспорта Виктора Вовка, гидроузел является единственным вариантом решения проблемы маловодности Дона и Цимлянского водохранилища.
Сегодня проект включен в проект изменений ФЦП «Развитие транспортной системы РФ», который находится на рассмотрении в федеральном Правительстве. Как только документ будет подписан, начнется проектирование гидроузла.
С момента появления идея строительства Багаевского гидроузла со стороны общественных активистов и экологов Ростовской области появилось множество аргументов против проекта. В первую очередь акцентируется внимание на ущербе экологии поймы Нижнего Дона, которая охраняется Рамсарской конвенцией. Также указывается, что гидроузел нанесет ущерб государственному природному заповеднику "Ростовский".
Другим аргументом является низкий экономический эффект проекта (по данным 2013 г., срок окупаемости проекта составлял 54 года), который сопоставим с ущербом экосистеме Нижнего Дона.
Против строительства в разное время высказывались председатель Южного научного центра РАН Геннадий Матишов, президент Национального центра водных проблем Владимир Кривошей, эколог и общественный деятель Александр Водяник. Последний также указывал на другие косвенные экономические последствия Багаевского узла. В частности, пострадает качество питьевой воды и будут затронуты сельскохозяйственные отрасли:
"Если узел будет построен, то затопленными окажутся достаточно обширные территории, в частности поля, где сейчас выращивается рис. Это однозначно будет происходить".
На брифинге в феврале 2016 г. губернатор Ростовской области Василий Голубев указывал, что задачей гидроузла является сохранение Дона и речной навигации:
"Задача принципиальная одна – сохранение реки Дон и возможность сохранения и развития навигации по Дону, сохранение уровня воды. Как известно, на сегодня это одна из сложнейших задач – маловодность реки Дон, что в начале прошлого года могло привести к остановке перевозки грузов по реке в некоторых ее частях. Проект представляет для региона жизненно важный интерес".
Одновременно он указал на необходимость предусмотреть в процессе реализации проекта необходимые мероприятия по охране природы, экологии, сохранении рыбных запасов Дона.